[이데일리 나은경 기자] 프로테오믹스(단백질체학) 기업 베르티스가 정부 연구개발(R&D) 지원금 30억원을 확보하고 인공지능(AI) 기반 신약 타깃 발굴 플랫폼 고도화에 나선다.

베르티스는 중소벤처기업부와 중소기업기술정보진흥원이 주관하는 ‘스케일업 팁스 특화형’ 사업에 선정됐다고 15일 밝혔다.

스케일업 팁스는 성장 단계에 있는 기술집약형 중소벤처기업을 대상으로 민간투자와 정부 R&D를 연계해 기술 고도화와 사업화를 지원하는 프로그램이다. 특화형은 바이오 등 국가 전략기술 분야에 전문성을 갖춘 운영사가 참여하는 유형이다.

베르티스는 삼성 계열 기업형 벤처캐피털(CVC)인 삼성벤처투자의 추천을 받아 경쟁 평가를 거쳐 최종 선정됐다. 이에 따라 2029년 8월까지 3년간 정부 R&D 지원금 30억원을 받아 표면단백체 분석 기술을 활용한 신규 약물 타깃 개발 플랫폼 과제를 수행한다.

이번 과제의 핵심은 베르티스가 개발 중인 신약 타깃 발굴 플랫폼 ‘서프’(SURF)의 고도화다. SURF는 단백질체 분석과 AI 기술을 결합해 세포 표면에 존재하는 단백질 가운데 치료제 개발에 활용할 수 있는 새로운 표적을 발굴하는 플랫폼이다.

세포 표면단백질은 항체약물접합체(ADC)나 이중항체 등 항체 기반 치료제가 암세포를 인식하고 결합하는 데 중요한 역할을 한다. 특히 ADC는 암세포 표면의 특정 단백질에 결합하는 항체를 이용해 세포독성 약물을 전달하는 방식이어서 적절한 표적을 확보하는 것이 치료제 개발의 출발점이다.

다만 표적 단백질이 암세포뿐 아니라 정상세포에도 많이 발현되면 치료 과정에서 부작용이 발생할 수 있다. 따라서 새로운 표적을 발굴하는 것뿐 아니라 암세포와 정상세포에서의 발현 차이, 실제 세포 표면에서의 존재 여부 등을 검증하는 과정이 중요하다.

베르티스는 SURF를 통해 단백체 데이터를 직접 생산하고, 신규 타깃 후보 발굴부터 우선순위 선정, 세포·조직 수준의 검증까지 연계한다. 특히 개별 표면단백질뿐 아니라 주변에 위치한 단백질까지 분석해 이중항체나 다중항체 개발에 활용할 수 있는 타깃 조합도 발굴한다는 계획이다.

이번 정부 과제에서는 다양한 암종의 세포주를 대상으로 표면단백체 데이터베이스를 구축할 예정이다. 이후 신규 타깃 후보의 발현 특성과 기능을 검증하고, 표적에 결합하는 리간드 등의 정보를 포함한 신약 타깃 패키지를 개발한다. 리간드는 특정 단백질이나 수용체에 선택적으로 결합하는 물질을 뜻한다. 베르티스는 검증된 타깃과 결합 물질 등의 정보를 묶어 글로벌 제약사가 ADC와 이중항체 등 치료제 개발에 활용할 수 있도록 제공할 계획이다.

최근 ADC 개발이 확대되면서 기존에 알려진 표적 외에 새로운 암세포 표면단백질을 확보하려는 제약업계의 관심도 커지고 있다. 다수의 ADC 후보물질이 HER2, TROP2 등 일부 표적에 집중돼 있어 차별화된 신규 타깃 발굴이 후속 신약개발의 주요 과제로 꼽힌다.

베르티스는 지난 7월 한국보건산업진흥원과 한국MSD가 공동 개최한 ‘MSD 헬스 이노베이션 서밋’에서 SURF를 처음 공개하고 심사위원단 선정기업으로 수상했다. 회사는 이번 정부 과제를 통해 플랫폼의 데이터 생산 및 검증 역량을 강화하고, 향후 글로벌 제약사와 공동연구 및 기술이전 기회를 확대한다는 방침이다.

한승만 베르티스 대표는 “표면단백체는 차세대 치료제 개발의 핵심 영역으로, 현재 글로벌 제약 산업이 가장 주목하는 분야 중 하나”라며 “이번 스케일업 팁스 특화형 선정을 계기로 SURF를 고도화해 표면단백체 기반 신약 타깃 발굴 시장을 선점하고, 한국에서 발굴한 타깃이 글로벌 신약개발의 출발점이 되는 K바이오의 새로운 경쟁력을 만들어 나가겠다”고 말했다.